همچنین علاوه بر ماهی ها ، ۳۰۰ تا ۴۵۰ نوع دیگر آبزیان نیز در این دریا زیست دارند که این عامل دریای خلیج فارس را از نظر تنوع زیستی جزء مناطق کم نظیر و پرتنوع معرفی کرده است.
خلیج فارس به عنوان یکی از زیستگاههای مرجان های دریایی است اما طی چند سال اخیر به دلیل صید بی رویه توسط غواصان و افراد سودجو و فروش آنها ، مورد تهدید جدی واقع شده است.
احداث اسکله های نفتی و بار اندازها و به دنبال آن افزایش غلظت آب ، موجب نابودی و خفه شدن مرجان ها در دریای خلیج فارس می شود ، به طوری که این موجودات دیگر قادر نیستند که غذای خود را از آب تامین کنند. همچنین ، تمام مرجان های اطراف جزیره قشم بر اثر توسعه شهری و ورود فاضلاب های شهری و صنعتی دچار مرگ تدریجی شده اند و امروزه کمتر می توان آنها را مشاهده نمود .
از سوی دیگر، خلیج فارس محل حمل و نقل جهانی نفت محسوب می شود و این امر باعث شده طی سالهای گذشته لکه های نفتی بسیاری از این نفت کش ها در آبهای خلیج فارس به جای بماند و در نهایت تاثیرات نامطلوبی بر محیط زیست منطقه وارد شود.
علاوه بر آلایند هایی که از طریق صنایع حاشیه سواحل وارد آب این دریا می شوند ، بخش عظم آلاینده های موجود در دریای خلیج فارس از نوع نفتی است که تا کنون باعث نابودی درصد بالایی از آبزیان و ماهیان این دریا شده است.
مدیرکل دفتر زیست دریایی سازمان حفاظت محیط زیست، ضمن تایید آلودگی خلیج فارس ، کاهش آلودگی دریای خلیج فارس را مستلزم همکاری کشورهای هموار دریا و همکاری واحد های صنعتی می داند و می گوید: با افزایش آلاینده ها دراین دریا آبزیان ، ماهیان و مرجان ها رو به نابودی خواهند رفت و آن زمان انجام هر اقدامی به طور حتم بی فایده خواهد بود.
محمد باقر نبوی تصریح می کند: بخشی از آلاینده ها در اثر حرکت نفتکش ها و شناورها ، رها کردن آب توازن کشتی ها ، حفاری ها و عملیات کشف نفت ، تراوش و استخراج نفت ، ریختن زباله ها از داخل شناورها به دریای خلیج فارس تزریق می شوند و با این معضل سالهاست که مواجه هستیم.
تنها ایران را نمی توان مسبب اصلی آلودگی دریای خلیج فارس دانست و می بایست ۸ کشور ساحلی این دریا را در آلودگی خلیج فارس سهیم دانست. به طوری که ، ساخت جزیره مصنوعی در آبهای خلیج فارس از سوی امارات متحده عربی پروژه ای که است تا ۱۰ سال آینده به نتیجه می رسد و به طور حتم این امر می تواند تهدید جدی برای آبهای خلیج فارس باشد.
بنا شده این جزایر در حاشیه سواحل دوبی که یکی از ۷ امارت این کشور کوچک حاشیه جنوبی خلیج فارس است احداث شوند اما طرفداران محیط زیست معتقدند که این توسعه جدید (جزایر مصنوعی) عوارض سنگینی را بر اکوسیستم منطقه خاص حوزه خلیج فارس وارد می کند.
در راستای بررسی آلودگی دریای عمان و خلیج فارس سومین گشت منطقه راپمی که شامل بخشی از دریای عمان و خلیج فارس می شود با هدف بررسی مسائل بیولوژیکی (موجودات معلق در آب) ، شفافیت آب و همچنین بررسی خطرات آلاینده های نفتی ، در منطقه انجام شد تا نتایج ان نقش راهبردی در اقدام در جهت کاهش آلودگی این دریا داشته باشد اما هنوز مسئولان سازمان حفاظت محیط پس از مدتها از اجری این طرح ، نتیجه مطالعات صورت گرفته را اعلام نکرده اند.
مرجان های زیبا و گونه های نادر گیاهی و جانوری در حالی قربانی توسعه بی رویه ، غیر اصولی و هجوم انواع آلاینده ها به درون دریا می شوند که هنوز سازمان حفاظت محیط زیست به عنوان دستگاه متولی حفظ محیط زیست نتوانسته اقدام موثر و شایسته ای در این زمینه انجام دهد.
در حالی که به لحاظ اهمیت جلوگیری از آلودگی و حفظ محیط زیست خلیج فارس در ارتباط با اکتشافات ، حفاریها و آلودگی های نقتی سازمان های منطقه ای مهمی همچون راپمی توسط امضاء کنندگان کنوانسیون ۱۹۷۸ کویت ، (کشوهای حاشیه خلیج فارس و حتی امارات عربی متحده) ، تشکیل شده و فعالیت می کنند اما تاکنون اقدامات جدی و بازدانده ای در این رابطه از سوی هیچ یک از کشورها به طور گروهی و یک جانبه انجام نشده است.
این سهل انگاری غیر قابل قبول به غیر از آنکه به نابودی حیات نمونه حوزه آبی خلیج فارس ختم خواهد شد، به طور حتم دیگر کشورهای کوچک حاشیه جنوبی خلیج فارس را نیز که با کمبود جدی حوزه سرزمینی و وسعت مواجه هستند به اقدامات مشابه رهنمون می کند.
